Istirahat kandang terbukti sangat efektif dalam mengurangi bibit penyakit yang ada di sekitar ayam. Istirahat kandang dilakukan minimal selama 2 minggu dihitung setelah kandang sudah dalam keadaan bersih dan didesinfeksi. Dengan berpegang pada teori bahwa jika bibit penyakit tidak mendapatkan induk semang/ hospes/tempat menempel serta lingkungan yang sesuai maka lama-kelamaan bibit penyakit tersebut akan mati atau setidaknya kemampuan menyerang hospes ayam akan melemah. Di sinilah tujuan istirahat kandang yang sebenarnya sehingga bibit penyakit dapat ditekan seminimal mungkin. Selain dengan istirahat kandang, perlu didukung dengan sanitasi dan desinfeksi secara ketat.

Dari beberapa kasus yang ada di lapangan, kadangkala masa istirahat kandang dilakukan peternak lebih cepat, kurang dari 14 hari atau bahkan hanya 7 hari. Padahal kondisi ini tidak baik karena akan menyebabkan bibit penyakit selalu berada di lingkungan peternakan, sehingga serangan penyakit pun akan selalu berulang.

Selain bertujuan untuk engurangi bibit penyakit di sekitar ayam, istirahat kandang juga berfungsi untuk meningkatkan daya tahan tubuh ayam. Hal ini sebagaimana yang diungkapkan oleh Tony Unandar (2011), dari penelitian yang dilakukan oleh Klasing (2005) diketahui bahwa ayam broiler yang dipelihara tanpa masa istirahat kandang, memiliki daya tahan tubuh yang lebih rendah dibanding ayam yang dipelihara dengan istirahat kandang selama 3 minggu.

Dari penelitian di atas disimpulkan bahwa hendaknya peternak bisa melaksanakan masa istirahat kandang dengan tepat, yaitu minimal selama 14 hari. Dengan begitu, siklus hidup beberapa bibit penyakit akan terputus karena bibit penyakit yang berada di luar tubuh ayam tidak bisa bertahan hidup dalam jangka waktu yang lama. Sedangkan untuk bibit penyakit yang memiliki daya tahan cukup lama di lingkungan seperti virus AI dan Marek, membutuhkan masa sitirahat kandang lebih lama yaitu selama 4 minggu atau bahkan lebih (Tony Unandar, 2011).